La Casa de Moneda de Lima, la más antigua del Virreinato del Perú, fue autorizada por Real Cédula del 21 de agosto de 1565 y comenzó a labrar moneda en septiembre de 1568. En 1572 el virrey Toledo decidió trasladarla a Potosí, cerca de las minas de donde procedía el metal. Pero, finalmente, no llegó a cerrarse. En 1573, parte de las herramientas se llevaron primero a La Plata (después llamada Charcas, hoy Sucre) para fundar una nueva casa de moneda allí. Después, se trasladó, en 1574, a la ciudad de Potosí. La ceca reabrió nuevamente en 1577 y cerró definitivamente en 1587. Aunque se hizo una acuñación en 1592, posiblemente con material restante.
Debido al gran fraude cometido en la ceca de Potosí y la posterior escasez de moneda, el Virrey Luis Enríquez de Guzmán, Conde de Alva de Aliste, decidió poner en funcionamiento de nuevo la Casa de Moneda en Lima de forma ilegal, sin previa autorización real. En la sesión del Cabildo de la ciudad del 10 de diciembre de 1658, se presentó a cuatro personas nombradas por el virrey para ocupar los cargos de la nueva ceca. El 21 de enero de 1659 el tesorero Juan de Figueroa efectuó la primera libranza de reales. Se cerró poco después en 1660 por orden de Felipe IV tan pronto como tuvo noticia de su reapertura.
Desde su llegada a Lima a finales de 1681 el duque de la Palata, don Melchor de Navarra y Rocaful, vigésimo segundo virrey del Perú se interesó en reabrir la ceca. El 20 de noviembre de 1682 le escribe al rey un largo informe detallando todas las ventajas de establecer una ceca en Lima. Las explicaciones dadas por el virrey fueron suficientes para que Carlos II, por Real Cédula del 6 de enero de 1683, diese la autorización para la apertura de la Casa de Moneda. La casa de Moneda abrió el día 1 de diciembre de 1683 y se empezó a acuñar la moneda el 7 de enero de 1684. La ceca desarrolló una pujante actividad. En mayo del año siguiente se habían labrado más de tres millones y medio de pesos en plata, según informó el tesorero Francisco Pita. Las labores de oro, según los libros de Memorias de los Virreyes que han gobernado el Perú, se iniciaron a mediados de 1696 con producción de todos los valores (1, 2, 4 y 8 escudos). En este período la administración de la ceca en manos de Tesoreros Administradores hasta 1704, año en que la administración fue comprada por los condes de San Juan de Lurigancho.
En 1746, la Corona envió al cordobés Andrés de Morales y de los Ríos Ramírez de Arellano a la ciudad de México para aprender sobre el terreno la acuñación redonda. Dos años después la Casa de Moneda de Lima se incorporó a la Corona española y a Morales se le trasladó a la ceca el 25 de mayo de 1748 con cargo de superintendente. Colocó en puestos de confianza a personal traído de México y mandó cesar la acuñación por cuenta de particulares y se hizo cargo de la tesorería. La Casa de Moneda estaba en ruinas por el terremoto del viernes 28 de octubre de 1746, por lo que, Morales encargó a su arquitecto Salvador Villa la construcción de un nuevo edificio en el mismo solar, al que se añaden otros tres colindantes. La primera piedra se colocó el 2 de noviembre de 1748 y las obras se finalizaron en 1760.
Hasta 1751, las monedas se siguieron acuñando a golpe de martillo, mientras los operarios instalaban el instrumental para poder fabricar moneda redonda de cordoncillo. En abril de 1950 llegaron el molino y los tres volantes hechos en Guayaquil, en septiembre todo estaba preparado a falta de los troqueles. El 31 de octubre de 1751 llegaron desde Madrid, en dos pequeñas cajas, diez troqueles para oro y plata totalmente oxidados. El 20 de noviembre, Morales informa sobre el trabajo de los entalladores que continúan preparando los cuños para los que se usaron punzones parciales que él mismo había tenido la precaución de traer desde México, ya que los troqueles madrileños eran inservibles. Las monedas redondas se empezaron a acuñar en 1751 con el nuevo diseño con dos globos terráqueos flanqueados por las columnas de Hércules, denominadas Columnarias. Estas monedas se acuñaron hasta 1772. A partir de 1751 también se empezó a acuñar los llamados bustos con la efigie del monarca, los primeros troqueles se destruyeron el 13 de febrero de 1753.
Durante el reinado de Carlos III, se adoptó un nuevo tipo de diseño para las monedas de plata con el busto laureado del monarca. Las primeras monedas de Carlos IV aparecen con la imagen de Carlos III, hasta que llegan los nuevos cuños. Del mismo modo, cuando Fernando VII ocupó el trono español en 1808, al demorarse en llegar los nuevos cuños, decidieron acuñar con un busto imaginario del rey. De allí que se conoce como Busto limeño aquellas emitidas en Lima entre 1808 y 1811. Ya en 1810 se comenzó a acuñar monedas con el busto auténtico de Fernando VII.
Al declararse la Independencia del Perú en Lima el 28 de Julio de 1821 por el general José de San Martín, los realistas huyen al Cuzco y se llevan parte de la maquinaria de la Casa de Moneda de Lima. Durante ese año los patriotas siguen acuñando monedas con el busto de Fernando VII. En 1822 acuñan por primera vez monedas con el primer escudo nacional diseñado por San Martín. En junio de 1823 los realistas ocupan Lima y
retoman la Casa de Moneda y acuñan nuevamente monedas en plata con el busto de Fernando VII. En 1824 se acuñan 8 reales y las monedas de Perú Libre acuñadas entre 1822 y 1823 se resellan con una Corona y la fecha 1824 para indicar que los realistas tenían nuevamente el poder.
Tras las Batallas de Junín y Ayacucho en 1824, se consolida la independencia. La Casa de Moneda nuevamente es controlada por el gobierno peruano, sin embargo, hasta 1825 no se acuña ninguna moneda a nombre del Perú. En 1830 se expide el primer Reglamento de la Casa Nacional de Moneda, estableciendo que su alta dirección corresponde al Ministerio de Hacienda. En 1858 los antiguos volantes fueron reemplazados por modernas prensas automáticas. En 1922, al crearse el Banco Central de Reserva, parte de las monedas emitidas son producidas en la Casa Nacional de Moneda.